在施工项目中发现员工不是本公司的，判断其违法性可以依据相关法律规定。《中华人民共和国建筑法》第六十四条规定：“违反本法规定，未取得施工许可证或者开工报告未经批准擅自施工的，责令改正，对不符合开工条件的责令停止施工，可以处以罚款。”虽然此条主要针对施工许可，但结合违法分包、转包的情形，如果施工单位将工程违法转包或分包给其他单位，导致实际施工员工非本公司人员，其转包、分包行为本身违反了《建筑法》中关于禁止违法分包、转包的原则性规定。此外，若涉及项目技术负责人等关键岗位人员非本单位职工，则违反了行业管理中对关键岗位人员需为本单位职工的具体要求，这些行为都可能依据《建筑法》及相关法规被认定为违法。在施工项目中发现员工不是本公司的，为妥善处理此问题，可采取以下行动建议：1、核实员工身份及劳动关系：首先确认该员工的实际所属单位、与本公司或其他单位是否存在劳动合同、社保缴纳等劳动关系证明，明确其为何出现在本公司施工项目中。2、检查项目分包转包合同：若涉及分包或转包，仔细审查相关合同是否合法有效，是否存在违法分包、转包给不具备资质单位或个人的情况，这是判断违法性质的关键。3、收集相关证据：收集该员工在施工现场工作的照片、视频、工作记录，以及可能存在的分包合同、工资支付凭证等，为后续向相关部门举报或处理提供依据。4、向建设行政主管部门咨询或举报：将情况向当地建设行政主管部门如实反映，咨询专业意见，若确认存在违法分包、转包或关键岗位人员不合规等情况，及时进行举报。选择解决方案时，应重点考虑违法行为的性质、严重程度以及可能带来的法律后果，优先采取能及时制止违法行为、降低风险的措施。如果您对具体操作不明确，建议进一步向专业律师咨询，以获取更精准的法律帮助。

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